三重塔は平安初期、京都の一条大宮から移されたもの。桧皮葺き朱塗りの愛らしい塔。初層に秘仏、薬師如来像（重文）が安置されている。

本堂は間口１１間の細長い建物で内陣に９体の阿弥陀如来坐像（国宝）を安置する。浄瑠璃寺を一名九体寺とも呼ぶのはこのため。九体仏は平安時代、貴族の間で流行し盛んに造立されたが現存するのはここだけである。９体とも桧の寄木造りで漆箔をほどこしてある。 中尊は丈六であとの８体はやや小ぶり（半丈六）。
堂内にはほかに四天王立像（国宝）、吉祥天立像（重文）などがまつられる。吉祥天は極彩色の華麗な衣装と美女ぶりで名高い美と幸福の女神で厨子に入った秘仏、正月・春・秋に特別開扉される。